在生物体中，DNA缠绕组蛋白八聚体形成的核小体是染色质的基本组成单位。当生物体状态改变时，DNA与组蛋白、DNA结合蛋白的互作关系也发生改变，从而引起下游基因的转录状态也随之变化。精确定位基因组中DNA结合蛋白的结合位点对于解码基因调控网络至关重要。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与特定的组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq的原理是：首先甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联，通过超声波将交联后的染色质打断成小片段，然后利用抗原抗体的特异性识别反应，富集目的蛋白结合的DNA片段。最后去交联并对纯化后DNA进行PCR扩增，高通量测序。通过与已有基因组序列进行比对，获得蛋白质与DNA相互作用的信息，可以真实地反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的状况。ChIP可用来研究某种特殊的蛋白-DNA相互作用、多种蛋白-DNA相互作用或全基因组或部分基因内的相互作用。